Bei jedem neuen Patient muss zunächst eine Befragung und Aufnahme der Krankengeschichte und die Sichtung mitgebrachter Befunde erfolgen. In der Regel wird auch bei jedem neuen Patient am Anfang eine einfache klinische Untersuchung durchgeführt. Erst dann kann entschieden werden, ob in diesem Fall eine homöopathische Behandlung angezeigt ist oder ob z.B. noch weitere diagnostische Schritte notwendig sind.
Zu Beginn der homöopathischen Behandlung muss dann die anfangs erhobene Krankengeschichte im Rahmen einer sogenannten homöopatischen Erstanamnese noch deutlich vertieft und präzisiert werden, da für die richtige Wahl eines homöopathischen Medikamentes oft scheinbare Nebensächlichkeiten oder Absonderlichkeiten den entscheidenen Ausschlag geben.
Bei der homöopathischen Behandlung akuter Krankheiten ist diese Erstanamnese kürzer und bezieht sich vor allem auf die aktuelle Symptomatik und den Zeitraum kurz vor Ausbruch der Krankheit. Bei chronischen Krankheiten muss diese Erstanamnese so genau, wie möglich erfolgen und auch Symptome ermitteln, die der Patient nicht von selbst, sondern erst auf genaue Nachfrage berichtet, da er sich vielleicht schon an diese gewöhnt hat. Auch wichtige Vorkommnisse in der Vergangenheit können dabei eine wahlentscheidende Rolle spielen. Bei chronischen Krankheiten kann diese Erstanamnese mehrere Stunden dauern und muss dann in mehreren Sitzungen erstellt werden, ist dann aber auch die Grundlage für die ganze weitere Behandlung. Je genauer und zutreffender die Erstanamnese ist, desto größer ist die Wahrscheinlichkeit einer eben darauf gestützten anschließenden passenden Mittelwahl.
Unter Berücksichtigung und unterschiedlicher Gewichtung der gesammelten Informationen kann der Homöopath dann ein möglichst passendes erstes homöopathisches Arzneimittel verordnen. Bei akuten Krankheiten erfolgt dann innerhalb einiger Stunden bis weniger Tage die Entscheidung ob das verordnete Medikament passend und wirksam ist oder ob eine andere, passendere Arznei gegeben werden muss. Bei chronischen Krankheiten wird zu diesem Zweck nach einigen Wochen eine sogenannte Folgeanamnese notwendig. Bei chronischen Krankheiten ist es eher die Regel, dass eine Reihe von aufeinander folgenden passenden Einzelmitteln gegeben werden müssen, da sich durch den Heilprozess die Art der Störung der Lebenskraft verändert und somit nach einer gewissen Wirkdauer die anfangs große Ähnlichkeit zum Heilmittel dann evtl. nicht mehr groß genug ist, um eine weitere Resonanzwirkung hervorzurufen. An diesem Haltepunkt muss dann ein neues, jetzt besser passendes Medikament gegeben werden.